Фамилия Гайдунова имеет основу украинского происхождения. В основе фамилии лежит прозвище Гайдун, которое восходит к нарицательному «гайдук». Гайдуками в XV-XIX веках называли партизан, боровшихся против турецкого владычества, а также солдат придворной охраны. Поэтому прозвище Гайдун относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности основателя фамилии. Кроме того, они были высокого роста, поэтому прозвище Гайдун мог получить и высокий человек. Не исключено, что прозвище Гайдун восходит к южнорусскому глаголу «гайдать». Даля, «гайдать» означает «бегать, шататься, летать». Можно предположить, что такое прозвище получил быстрый, проворный, резвый, расторопный человек. Согласно еще одной гипотезе, прозвище Гайдун ведет свое начало от украинского нарицательного «гайда» - «призыв, побуждение идти куда-либо». Вполне вероятно, что предок обладателя фамилии Гайдуновых был активным, подвижным человеком. Согласно еще одной гипотезе, прозвище Гайдун происходит от названия болгарского, сербского, польского музыкального инструмента типа волынки – гайда. Возможно, что основатель рода Гайдуновых был музыкантом. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гайдун, со временем получил фамилию Гайдунова.