Фамилия Гамаудинова — редкий случай, когда женская форма заметно опередила мужскую по частотности. В официальных записях, телефонных справочниках и соцсетях эта фамилия встречается почти исключительно у женщин, а мужской вариант — Гамаудинов — встречается в разы реже. Такое соотношение само по себе подсказывает, что перед нами фамилия, закрепившаяся в среде, где женские и мужские формы исторически различались, но женская почему-то стала более заметной в публичном пространстве.

Корень фамилии — арабское имя Гамаудин, или Гамауддин. Это сложение двух слов: «гама» (хамма, хаммад) — «восхваляющий» или «прославляющий», и «дин» — «вера, религия». В сумме имя означает «восхваляющий веру» или «слава веры». Такие имена с компонентом «дин» (Нуруддин, Сайфуддин, Шамсуддин) широко распространены в исламском мире, и фамилия Гамаудинова — типичный пример того, как личное имя стало родовым прозвищем, а затем и фамилией. Суффикс -ов- указывает на русскую модель образования фамилий: «чей?» — Гамаудинов, то есть потомок Гамаудина.

Географически фамилия тяготеет к регионам с традиционно мусульманским населением: Дагестан, Татарстан, Башкортостан, а также к среде кавказских народов, где арабские имена сохранялись в быту дольше. Встречается она и среди чеченцев, ингушей. При этом написание с буквой «а» в первом слоге (Гамаудинова, а не Хаммаудинова) — это адаптация арабского звучания к русской графике, где гортанный звук «х» часто опускается или передаётся через «г».

Есть и более прозаичная версия происхождения — от тюркского прозвища «гамау» или «гама», означающего «неповоротливый, медлительный». В таком случае суффикс -дин- мог быть вставлен для благозвучия или как результат народной этимологии, когда неясное слово подтянули под знакомое имя. Но эта версия менее убедительна: слишком много фамилий с прозрачным арабским корнем «дин» в той же среде, чтобы считать такое совпадение случайным. Скорее всего, предки носителей фамилии были людьми религиозными, возможно, муллами или учителями, носившими имя Гамаудин.