Мужское крестильное имя Гавриил в переводе с древнееврейского означает «божественный воин». От этого имени было образовано множество производных форм, одна из которых – Ганча – и легла в основу данной фамилии. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Ганчёнкова лежит имя Ганча, болгарский вариант мужского крестильного имени Григорий (в переводе с древнегреческого - «земледелец»). Фактически фамилия Ганчёнкова представляет собой отчество второго порядка: Ганчёнков, внук Ганчёнко, сын Ганчи. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ганча, со временем получил фамилию Ганчёнкова.