Скорее всего, фамилия Ганченко была образована от имени Гавриил. В основе фамилии лежит его уменьшительная форма – Ганя. Само имя Гавриил имеет древнееврейские корни, а на русский переводится как «божественный воин». Согласно другой гипотезе, фамилия Ганченко происходит от прозвища Ганя из нарицательного «гана» (в переводе с украинского – «осуждение»). Возможно, предок обладателя фамилии вел образ жизни, в чем-то отличный от общепринятого, за что его и осуждали односельчане.