Фамилия Ганченко — типичный пример восточнославянской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. Эта модель особенно характерна для украинской ономастики: суффикс -енко буквально означает «маленький» или «сын», то есть Ганченко — это «сын Гани».

В основе фамилии лежит имя или прозвище Ганя. Самая вероятная версия возводит его к уменьшительной форме канонического имени Гавриил. Имя древнееврейского происхождения, в переводе означает «божественный воин» или «сила Божья». На русской почве оно дало множество производных: Гавря, Ганя, Гаша. Фамилии Ганченко, Ганченков, Ганин стоят в одном ряду с более распространенными Гавриловыми и Гавриленко.

Существует и альтернативное объяснение, хотя оно менее убедительно. В украинском языке слово «гана» означает «осуждение», «порицание». В этом случае прозвище Ганя мог получить человек, чей образ жизни или поведение вызывали неодобрение окружающих. Однако прямая связь с именем Гавриил исторически более логична и подкреплена массовостью подобных фамилий.

Суффикс -енко в фамилии Ганченко указывает на её происхождение в среде казачества или крестьянства Левобережной Украины (территории современных Черниговской, Полтавской, Сумской областей). Именно в этих регионах в XVII–XVIII веках модель на -енко стала доминирующей, вытеснив более архаичные окончания. Таким образом, предки современных носителей фамилии, скорее всего, были выходцами из украинских земель, а родоначальника звали Гавриилом, которого в быту звали Ганей.