Фамилия Ганчерова — вариант женского рода от мужской формы Ганчеров. В русской традиции такие фамилии обычно принадлежали женщинам как производные от фамилии мужа или отца, но в современном употреблении могут быть и девичьими. Основа фамилии — Ганчер — почти наверняка восходит к прозвищу или имени, а не к географическому названию.

Самый прямой путь к происхождению — через слово «ганчер». В южнорусских и украинских говорах так могли называть человека, занимающегося ганчем — видом глиняной посуды или, реже, процессом её обжига. Слово «ганч» или «ганча» имеет тюркские корни (сравните с турецким «küp» — кувшин, хотя путь заимствования сложнее) и в диалектах означало глиняный горшок, кринку. Соответственно, Ганчер — это гончар, мастер по глиняной посуде. Такая фамилия — профессиональное прозвище, аналогичное Гончарову, но с региональным оттенком: Ганчеровы могли быть выходцами из мест, где преобладала именно такая форма слова (юг России, Украина, Белоруссия).

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая — от уменьшительной формы имени Ганя (производное от Гавриил, Игнатий или Агафон через народные варианты типа Ганка, Ганец). В этом случае суффикс -ер мог появиться под влиянием польской или западнорусской традиции (сравните фамилии типа Ганцер, Ганцевич). Однако для русской ономастики модель «имя + суффикс -ер» нетипична, и профессиональная версия выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, её география не широка. Встречается в основном в центральных и южных областях России, а также в Беларуси. Написание с буквой «ч» (Ганчерова) указывает на твёрдое произношение корня, характерное для восточнославянских говоров, в отличие от западных вариантов с мягким «ч» (Ганчер). Носители фамилии, скорее всего, потомки ремесленников-гончаров, живших в небольших городах или сёлах, где такое прозвище закрепилось за целым родом.