Фамилия Гандула — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин), что сразу подсказывает: перед нами не «сын Гандулы», а скорее застывшее прозвище или имя, перешедшее в фамилию без изменений. Такая модель характерна для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, а также для фамилий польского происхождения.

Самая вероятная версия связывает основу «гандул-» с диалектным словом «гандула» или «гондула» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли медлительного, неповоротливого человека, иногда с оттенком пренебрежения, вроде «увалень» или «копуша». Прозвище могло закрепиться за человеком с соответствующей манерой поведения. Менее распространённая, но возможная гипотеза — связь с польским gandula (или ganduła), что в старопольских диалектах означало «неуклюжий, неловкий» — это слово фиксируется в исторических словарях польского языка. Таким образом, фамилия могла возникнуть на западнорусских землях, где было сильное польское влияние.

Встречается фамилия Гандула и в сербско-хорватском ареале, но там она, скорее всего, восходит к личному имени Гандул — уменьшительной форме от Гаврило или Габриел. Но для славянского востока версия с прозвищем по характеру остаётся основной. Сословно предки Гандул, скорее всего, были крестьянами или мещанами: фамилии без суффиксов в этой форме чаще всего фиксировались именно в реестрах казаков и сельских общин, а не в дворянских родословных.

Что касается ударения, в русской среде фамилию чаще произносят с ударением на второй слог — Ганду́ла, что соответствует акцентологической норме для заимствованных слов славянского происхождения. В украинской традиции ударение может падать на первый слог — Га́ндула. Фамилия не имеет никакого отношения к «гангстеризму» или «Гандурас» — это народная этимология, не подкреплённая фактами.