Фамилия Ганджула звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Её основа — прозвище или мирское имя Ганджул, а сама фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -а, характерной для украинских, белорусских и южнорусских фамилий. В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев или -ин, эта форма застыла в именительном падеже и указывает на прозвищное происхождение: Ганджула — это буквально «тот, кого прозвали Ганджулом».

Самая вероятная версия связывает корень «гандж» с тюркскими языками, где «ганж» (или «гандж») означает «сокровище», «клад», «богатство». В украинских говорах слово «гандж» имеет другое значение — «изъян», «порок», «недостаток» (от польского gędźba или gandźba). Получается смысловая вилка: предок мог получить прозвище Ганджула либо как «богач», либо, наоборот, как человек с физическим или нравственным изъяном. Вторая версия менее правдоподобна, так как прозвища с отрицательным оттенком реже давали без ироничного контекста.

Менее распространённая гипотеза выводит фамилию от румынского или молдавского gând — «мысль», «дума» (отсюда gândaci — «жук», буквально «думающий»). В этом случае Ганджула могло означать «задумчивый», «мечтательный» человек. Однако для такой версии нет убедительных параллелей в русской ономастике.

Географически фамилия привязана к западным и южным регионам бывшей Российской империи: Украина, Молдавия, юг России. Встречается также у гагаузов и в среде запорожских казаков, где тюркские заимствования были обычным делом. Сословно носители фамилии относились преимущественно к крестьянам и казакам — дворянских родов Ганджула не зафиксировано.

В написании возможны варианты: Ганджула, Ганджуло, Ганжула. Последняя форма встречается чаще и может указывать на упрощение произношения в некоторых говорах.