Фамилия Ганджибоев — редкий пример фамилии, образованной от составного восточного имени, где вторая часть указывает на принадлежность к определённому роду или социальному статусу. В основе лежит мужское имя Ганджибой: первая часть «гандж» восходит к персидскому «гандж» (сокровище, клад, богатство), вторая — «бой» (бек, господин, хозяин). В буквальном переводе имя означает «богатый господин» или «владелец сокровищ». В тюрко-персидской антропонимии такие имена давали с пожеланием материального достатка и высокого положения.

Фамилия образована по русской патронимической модели: к имени Ганджибой добавили суффикс -ев, который в славянской традиции указывает на родство («чей?» — сын Ганджибоя). Написание через «е» (а не «и») характерно для фамилий, оформленных уже в русскоязычной среде: в оригинале имя могло звучать как Ганджибай, но при фиксации в документах суффикс адаптировали к привычной форме.

Географически фамилия встречается преимущественно в Узбекистане, Таджикистане и среди народов, говорящих на иранских и тюркских языках. В русском контексте она почти не бытует, что говорит о позднем закреплении — скорее всего, во второй половине XIX — начале XX века, когда в Средней Азии активно вводили метрические записи и паспортный учёт по российскому образцу.

Слово «гандж» в персидском имеет и более древний пласт: оно связано с авестийским «ганза» (казна, хранилище), откуда через греческий пришло и в европейские языки (например, латинское «gaza» — сокровищница). Поэтому носитель фамилии Ганджибоев может считать себя дальним «родственником» не только азиатских купцов, но и библейского города Газа — этимология у них общая.