Фамилия Ганейов — одна из тех, где сразу бросается в глаза необычный финал. Окончание «-ёв» под ударением встречается реже, чем привычное «-ов», и обычно указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или шипящий: Ганей — Ганейов. В русской традиции такие фамилии образовывались от прозвищ или имён, которые в народном произношении звучали с беглым гласным или с «й» на стыке.

Корень фамилии, скорее всего, восходит к личному имени Гана, Ганя. Это уменьшительная форма от канонического имени Гавриил (в русском быту — Гаврила, Ганя) или реже — от Иоанн (Иван). Имя Гавриил в крестьянской среде давало множество производных: Ганя, Ганей, Ганечка. Прозвище Ганей могло закрепиться за человеком, которого так звали в семье или на деревне, а затем перешло в фамилию сына — «чей?» — Ганейов, то есть «сын Ганея».

Есть и менее очевидная версия: связь с тюркскими или кавказскими корнями. В некоторых языках «ган» означает «кровь» или «род», а суффикс «-ей» может быть патронимическим. Но для русской фамилии такое объяснение менее вероятно: географически Ганейовы чаще встречаются в центральных и южных регионах России, где преобладало славянское население. Встречаемость фамилии низкая, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от одного рода в конкретной губернии.

Интересная деталь: в дореволюционных записях фамилию могли писать как «Ганеев» или «Ганеёв», поскольку буква «ё» часто заменялась на «е» из-за необязательности её употребления в документах. Но именно форма с «ё» сохранила ударение на последний слог и уникальность звучания. Таким образом, предки носителя фамилии Ганейов — скорее всего, крестьяне или мещане, получившие фамилию по отцу или деду, которого в быту звали Ганей (Ганя).