Фамилия Ганилова — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Ганилов. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: от имени или прозвища с помощью суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Ганилов буквально означал «сын Ганила» или «человек из рода Ганила».

Корень фамилии восходит к имени Ганил, которое является просторечной, бытовой формой крестильного имени Гавриил. В русской народной среде имя Гавриил часто сокращали и переиначивали: отсюда пошли Гаврила, Гавря, а также Ганил. Переход «в» в «н» — не редкость в диалектном произношении, особенно в северных и сибирских говорах, где звук «в» перед гласными мог оглушаться или заменяться. Таким образом, Ганилов — это «сын Гавриила», а Ганилова — его потомок по женской линии.

В ономастике известны параллельные фамилии: Ганилин, Ганин, Ганичев, Ганичкин — все они образованы от тех же производных форм имени Гавриил. Но Ганилов отличается тем, что сохранила архаичную огласовку «Ганил», а не «Гаврил». Это может указывать на регион бытования: вероятнее всего, фамилия возникла в среде, где говорили «Ганила», а не «Гаврила», — например, в северных областях России, в Поморье или на Урале.

Социальный контекст прост: фамилия крестьянская или мещанская. В документах XVII–XIX веков Ганиловы встречаются среди государственных и дворцовых крестьян, реже — среди посадских людей. Никакого дворянского или священнического происхождения у этой фамилии нет, если только не было случайного совпадения с прозвищем, но в подавляющем большинстве случаев основа — именно имя Ганил.

В написании возможна путаница: иногда фамилию записывали как Гонилов (под влиянием аканья) или даже Ганелов. Но правильное ударение, судя по корню, — на второй слог: Гани́лов. Исходное имя Гавриил в переводе с древнееврейского означает «Божья крепость» или «сила Божья», но к фамилии это имеет лишь косвенное отношение: для предка носителя фамилии это было просто обиходное имя, которое закрепилось за родом.