Фамилия Ганилов — относительно редкая, и её происхождение напрямую связано с крестильным именем, которое в русском языке претерпело необычные фонетические изменения. Основа фамилии — имя Ганя, которое было обиходной, уменьшительной формой сразу от нескольких канонических имён. Чаще всего так в быту называли Гавриила («Божья крепость»), Агафона («добрый, благой») или Агапия («любимый»). Однако в случае с фамилией Ганилов ключевую роль сыграло имя Гавриил: в южнорусских и украинских говорах начальное «Га» в этом имени было устойчивым, а форма «Ганя» (через отвердение «в») стала самостоятельным прозвищем.

Суффикс -ов указывает на стандартную модель русской фамилии, образованной от имени отца: «чей сын?» — Ганилов. То есть предок носителя фамилии был известен в своей общине просто как Ганя. Интересно, что у фамилии есть однокоренной «двойник» — Ганичев, где суффикс -ев-/-ич- указывает на ту же основу, но с другой патронимической моделью. Встречается также вариант Ганилев, который мог возникнуть под влиянием украинской или белорусской традиции.

Географически фамилия Ганилов тяготеет к югу России и Поволжью, где акающие говоры и местные особенности произношения могли закрепить именно такую форму. В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего числились государственными или помещичьими крестьянами. В дворянских родословных книгах эта фамилия практически не фиксируется, что указывает на её простонародное, крестьянское происхождение.

Редкость фамилии делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Ганилов, то, скорее всего, ваши предки происходят из одного или нескольких соседних сёл. При этом стоит помнить, что из-за фонетической близости к имени «Ганна» (народная форма Анны) иногда фамилию ошибочно связывают с женским именем, но это неверно: основа — мужское прозвище.