Фамилия Ганусинец — редкий пример восточнославянской модели, где суффикс -инец указывает на происхождение из определённой местности. В отличие от массовых -ов/-ев или -ин, суффикс -инец (в польском варианте -iniec) встречается в фамилиях, образованных от названий населённых пунктов: житель такого-то села или хутора. Соответственно, Ганусинец — это «выходец из Ганусина» или «человек с хутора Ганусь».

Основа Ганус — это народная, диалектная форма церковного имени Иоанн (Иван). В белорусском, украинском и польском языках имя Иван давало множество производных: Януш, Ганус, Ганна. Ганус — характерный вариант для западных регионов, особенно для Гродненщины, Брестчины и восточных земель современной Польши (Подляшье). Таким образом, Ганусинец буквально означает «сын Гануса» или «житель поселения, основанного человеком по имени Ганус».

География фамилии подтверждает эту версию. Основной ареал Ганусинцев — запад Беларуси и приграничные районы Польши. В документах XIX века фамилия встречается среди крестьян и мещан Гродненской губернии. В Польше распространён вариант Ganusiniec с тем же значением.

Словообразовательный нюанс: в отличие от фамилий на -ич (Ганусич), которые фиксируют прямое отчество («чей сын»), суффикс -инец привязывает носителя к территории. Если бы предок был просто «Ганусов сын», фамилия звучала бы как Ганусов или Ганусевич. Форма Ганусинец говорит о том, что родоначальника помнили не только по имени, но и по месту, откуда он пришёл — скорее всего, из небольшого хутора или деревни, ныне не существующей или сменившей название.

Версия о происхождении от польского слова ganusić (бранить, хулить) маловероятна: суффикс -инец не типичен для прозвищ по характеру, а такие прозвища обычно давали напрямую (Ганус, Гануся). Поэтому основная и единственная надёжная гипотеза — топонимическая, с корнем от канонического имени Иоанн в его западнорусском обличье.