Фамилия Ганявина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Ганявин. Это типичная «патронимическая» фамилия, то есть образованная от личного имени или прозвища отца при помощи суффикса -ин, который в русской традиции указывал на принадлежность: «чей сын?» — Ганявин, то есть сын Ганяви (или Ганявы).

Ключ к происхождению — в основе «Ганяв-». Самый прямой и правдоподобный путь ведёт к диалектному глаголу «ганять» — просторечной форме слова «гонять». В северных и сибирских говорах «ганять» означало и «гнать, понукать», и «быстро бегать, носиться». Прозвище Ганява могли дать непоседливому, суетливому человеку, тому, кто «гоняет» без дела или, наоборот, работает быстро и хлопотливо. В этом случае фамилия — отчество от прозвища: «Ганявин» = «сын того, кого звали Ганявой».

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с личным именем Ганя, уменьшительной формой от Агафон (из греч. «агатос» — добрый, хороший). В этом случае «Ганявин» — форма от «Ганя» с наращением -в-, характерным для некоторых диалектов (ср. «Илья — Ильявин»). Однако такая модель встречается редко, а прозвищная версия выглядит проще и органичнее.

Отдельного внимания заслуживает ударение. В фамилии Ганявина оно падает на второй слог (Ганя́вина), что отличает её от возможной омонимичной формы с ударением на первый слог (Га́нявина), которая могла бы произойти от имени Ганя. Это косвенно подтверждает прозвищное происхождение: в основе — слово «ганя́ть», а не имя.

Фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России, но не является широко распространённой. В сословном плане предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — прозвища, лёгшие в основу таких фамилий, редко встречались в дворянской среде.