Фамилия Ганюгин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, местное прозвище, образованное от диалектного глагола. Её ядро — «ганюг-», где корень «ган-» восходит к глаголу «ганить» (позорить, хаять, бранить) или его южнорусскому и украинскому варианту «ганити» (гнать, преследовать). Суффикс «-юг-» в русских прозвищах и фамилиях придаёт слову оттенок грубоватости или интенсивности действия (сравните: «ворюга», «злюка»). Таким образом, прозвище Ганюга мог получить человек сварливый, любящий всех ругать, либо, наоборот, тот, кого постоянно гоняли, «ганили».

Фамилия образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе на -а добавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность «сын Ганюги». Ганюгин — буквально «чей?» — потомок человека по прозвищу Ганюга.

Географически фамилия тяготеет к южным областям России, где диалектный глагол «ганить» был особенно распространён. Встречается она и в среде донских и кубанских казаков, для которых прозвищные фамилии с яркой эмоциональной окраской — обычное дело. В написании фамилии есть одна особенность: ударение почти всегда падает на второй слог — Ганю́гин, что подтверждает происхождение от слова «ганю́га», а не от гипотетического «Ганюг» (с ударением на первый слог).

В словарях русских фамилий (например, у В. А. Никонова) фамилия не фиксируется как широко распространённая, что говорит о её локальном характере. Она не попала в списки дворянских родов и не связана с известными историческими личностями — это чисто народная, прозвищная фамилия, возникшая в среде крестьян или казаков. Её носителям стоит искать корни не в боярских книгах, а в говорах и бытовых прозвищах своих предков.