Фамилия Ганюгина образована от мужского личного имени Ганюга. Чаще всего это одна из просторечных, уменьшительных форм крестильного имени Гавриил, которое в переводе с древнееврейского означает «божественный воин». На Руси имя Гавриил было распространено, и народная речь породила множество его сокращений: Гавря, Гаврик, Гаврюша, Ганя, Ганюга. Небесным покровителем этого имени считается Архангел Гавриил — посланник, открывающий тайное знание, сообщивший Деве Марии благую весть о рождении Иисуса Христа.

Однако есть и другая версия происхождения. Имя Ганюга могло быть уменьшительным от греческих имен Агапий (в переводе — «любимый») или Агафон («добро, благо»). Эта гипотеза менее вероятна, хотя и возможна в южных и западных говорах, где начальное «а» иногда отсекалось.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: в основе фамилии лежит имя отца. «Ганюгина» в исходном значении — «дочь или жена Ганюги». В русской традиции фамилии на -ин закреплялись за потомками по мужской линии. Поскольку Ганюга — имя без фамильного суффикса, характерного для знати (-ский, -ов), скорее всего, основатель рода Ганюгиных был человеком из простого сословия, крестьянином или ремесленником. Со временем фамилия закрепилась за всеми потомками, и теперь Ганюгина — одна из тех семейных прозваний, что хранят память о народной форме старинного библейского имени.