Фамилия Ганжибаева — редкая, и её корни уходят в тюркскую языковую среду, скорее всего, в кавказский или прикаспийский регион. Основа «Ганжи» с высокой вероятностью восходит к азербайджанскому или дагестанскому топониму Гянджа (древний город в Азербайджане) либо к личному имени Ганж, которое в тюркских языках может означать «сокровище» или «клад» (от персидского «гандж»). Вторая часть «-бай» — распространённый тюркский титул или компонент имени, означающий «богатый», «господин», «владелец». Таким образом, Ганжибай — это составное мужское имя или прозвище, которое можно перевести как «богатый, как сокровище» или «господин из Гянджи».

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских основ: он присоединялся к именам, оканчивающимся на согласный или «й», чтобы создать форму притяжательного прилагательного («чей?» — Ганжибаев). Окончание «-а» — это женский вариант фамилии, стандартный для русской грамматики (дочь или жена Ганжибаева). Мужская форма — Ганжибаев.

Географически фамилия встречается в основном среди народов Дагестана (особенно кумыков и лезгин), а также у азербайджанцев и татар. В дореволюционной России такие фамилии часто фиксировали у крестьян и горцев, получивших паспорта при переселении в центральные губернии или при записи в казачьи войска. Сословная принадлежность носителя могла быть разной: от зажиточного скотовода до мелкого торговца, но однозначных данных о дворянском происхождении нет — фамилия не входит в списки титулованных родов.

Особенность фамилии — её двойная тюркская основа, где оба компонента (Ганж и бай) несут смысловую нагрузку. Это отличает её от более простых одноосновных фамилий вроде Ганжин или Ганжев. Если сравнивать с однокоренными, например, с фамилией Ганжинский (польско-шляхетский вариант), то Ганжибаева явно указывает на восточное, а не западное происхождение. В письменных источниках XIX века встречается вариант написания «Ганджибаев», что подтверждает связь с топонимом Гянджа — через звук «дж», характерный для азербайджанского произношения.