Фамилия Гапатин — редкая и неочевидная с первого взгляда. Её основа, «Гапат», не встречается в современных русских именах или нарицательных словах, поэтому разбирать её приходится через прозвищные модели и диалектную лексику.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Гапат, образованное от глагола «гапать» — в некоторых южнорусских и украинских говорах это значит «ловить ртом воздух, задыхаться, широко открывать рот» или, в переносном смысле, «зевать, быть разиней». Человек, которого дразнили Гапатом, мог иметь привычку ходить с открытым ртом, быть рассеянным или медлительным. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Гапатин — «сын Гапата», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Менее вероятна, но возможна связь с украинским «гапати» — «хватать, хапать». В этом случае прозвище Гапат мог получить жадный или хватающий всё подряд человек. Однако такая версия слабее, потому что для значения «хватать» в русских фамилиях чаще встречаются основы «Хап-» (Хапилов, Хапугин) с твёрдым «х».

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины — именно там бытовали слова с корнем «гап-». В списках однодворцев и крестьян Курской, Воронежской губерний встречаются единичные упоминания Гапатов как носителей прозвища, но фамилия никогда не была массовой.

Важно не путать Гапатина с похожей фамилией Гапанович, где основа — западно-белорусское или литовское имя Гапас (от Гавриил). В случае Гапатина суффикс -ин указывает на восточнославянскую модель, а не на польско-литовскую, так что версия с крестильным именем маловероятна.

Таким образом, предок носителя фамилии Гапатин — скорее всего, крестьянин или ремесленник из южных регионов, получивший уличное прозвище за манеру поведения: зевака, ротозей или, реже, хватала. Фамилия сохранилась в единичных семьях и сегодня встречается крайне редко, в основном в Саратовской и Волгоградской областях.