Фамилия Гаранюшкина — редкий пример, где суффикс указывает не на принадлежность, а на прозвище, и делает это дважды. Основа здесь — личное имя или прозвище Гаран, которое могло быть вариантом канонического Герасим (в народном произношении часто звучало как Гарасим, отсюда сокращение Гаран). Вторая версия, менее вероятная, — связь с диалектным «гаранить», то есть кричать, шуметь, или с украинским «гарячий» (горячий), но для фамилии с суффиксом -ин/-ын чаще берут именно имя.

Словообразовательная цепочка необычна: от основы Гаран- образовали прозвище с уменьшительно-ласкательным суффиксом -юшк-, как в словах «батюшка» или «тетушка». Получилось Гаранюшка — человек, которого называли ласково, возможно, младшего в семье или любимца. Затем к этому прозвищу добавили суффикс -ин, который в русских фамилиях обычно означает «чей?»: Гаранюшкин — сын или потомок Гаранюшки. Двойной суффикс — редкость; фамилия как бы консервирует старую модель, когда прозвище на -юшка не стало самостоятельной фамилией, а послужило ступенькой для отчества.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где суффикс -юшк- в прозвищах встречался чаще, чем на юге. Встречается она в основном в единичных записях в Вологодской, Костромской и Нижегородской областях. В писцовых книгах XVII века можно найти похожие формы — Гаранька, Гараня, но именно Гаранюшка не фиксируется как распространенное имя, что говорит о локальном, возможно, внутрисемейном происхождении.

Сословно фамилия почти наверняка крестьянская: в дворянских родах такие двойные уменьшительные суффиксы не приживались. Носительница фамилии Гаранюшкина в прошлом — скорее всего, женщина из семьи, где предка звали ласково Гаранюшка, и это прозвище закрепилось за потомками как родовое имя. Окончание -а указывает на женскую форму, но в современном употреблении фамилия склоняется по общим правилам.