Фамилия Ганюшкина — одна из тех, что хранят память о домашнем, неофициальном имени предка. В её основе лежит имя Ганюшка — уменьшительно-ласкательная форма от краткого имени Ганя, которое, в свою очередь, восходит к полному крестильному имени Гавриил. Это имя древнееврейского происхождения (Габриэль) означает «моя мощь — Бог» или «крепость Божия». На Руси Гавриила почитали особо: в христианской традиции это один из семи архангелов, возвестивший Деве Марии о рождении Христа, а пророку Захарии — о появлении Иоанна Крестителя.

Однако сама фамилия образовалась не от торжественного церковного Гавриил, а от его просторечной, бытовой формы — Ганюшка. Такое «опрощение» имён было нормой в крестьянской и рабочей среде, где полное имя звучало слишком официально. Суффикс -ушк- в имени Ганюшка придавал ему ласковый, почтительный оттенок, а фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ганюшкин, то есть сын, потомок Ганюшки.

Таким образом, фамилия Ганюшкина — это типичный пример русской «патронимической» фамилии, образованной не от святцев, а от уличного имени, которое давали в быту. Среди однокоренных фамилий — Ганин, Ганюшин, Ганичкин — все они восходят к тому же корню Ган- (сокращение от Гавриил). Разница лишь в суффиксах, которые в каждом регионе и в каждой семье выбирали по-своему.

Сословная принадлежность первых Ганюшкиных, скорее всего, была крестьянской или мещанской: в дворянской среде подобные «домашние» формы имени в фамилиях встречались реже. Фамилия не получила широкого географического распространения, что говорит о её локальном, «гнездовом» происхождении — вероятно, из северных или центральных губерний России, где форма Ганюшка была особенно употребительна.