Фамилия Ганюшкин — классический пример русского «полуотчества»: её образовали не напрямую от полного церковного имени, а от его обиходной, домашней формы. В основе лежит имя Ганюшка, которое, в свою очередь, является уменьшительно-ласкательным вариантом старого русского имени Ганя. А Ганя — это просторечная, народная переделка канонического имени Гавриил.

Имя Гавриил пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского языка. Оно восходит к имени Габриэл, что означает «моя мощь — Бог» или, в более привычном переводе, «крепость Божия». В библейской традиции это имя носит один из семи архангелов, вестник, который, согласно Евангелию, возвестил Деве Марии о рождении Христа, а Захарии — о появлении на свет Иоанна Крестителя. В еврейских талмудах он также занимает значительное место как истолкователь снов пророка Даниила. Несмотря на высокое происхождение имени, в народной среде оно быстро «обрусело» и дало множество производных форм: Гаврила, Гаврюха, Ганя и, наконец, Ганюшка.

Именно этот путь — от полного имени через цепочку сокращений — и привёл к появлению фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ганюшкин буквально означает «сын Ганюшки» или «человек из семьи Ганюшки». Такую модель образования (основа на -а/-я плюс суффикс -ин) в русском языке чаще всего давали фамилии, произошедшие от имён и прозвищ, оканчивающихся на гласный звук.

Стоит обратить внимание на то, что фамилия Ганюшкин — не единственная в этом «гнезде». Однокоренные фамилии Ганин, Ганькин, Ганюков, Ганшин образованы от тех же или близких производных форм имени Гавриил. Однако именно форма Ганюшка с уменьшительным суффиксом -юшк- встречается реже, что делает фамилию более специфичной, привязанной к определённой местности, где прижился именно этот вариант имени. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где такие «усечённые» имена были особенно распространены.