Фамилия Ганюшина образована от имени Ганюша — просторечной, обиходной формы крестильного мужского имени Гавриил. В переводе с древнееврейского это имя означает «божественный воин» или «моя сила — Бог». Такие сокращённые имена были широко распространены в русской деревне: полное церковное имя часто заменяли более коротким и привычным в быту вариантом. Ганюша — одна из таких форм, наряду с Ганей, Гавшей или Гашей.

По модели образования фамилия относится к самому распространённому в России типу — на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ганюшина буквально значит «дочь (или жена) Ганюши», а в более широком смысле — «из семьи Ганюши». В русской ономастике фамилии на -ин обычно образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я, что и произошло в данном случае.

Скорее всего, основатель рода Ганюшиных был человеком из простого сословия. Имя Ганюша, в отличие от полного Гавриил, редко встречалось в дворянской или купеческой среде — там предпочитали официальные церковные формы. В крестьянской же и мещанской среде такие уменьшительные имена были нормой, и фамилии от них закреплялись естественным путём, без специального оформления документов.

Таким образом, потомок человека по имени Ганюша со временем получил фамилию Ганюшина. Если рассматривать географию, то фамилия чаще встречается в северных и центральных регионах России, особенно в Архангельской, Вологодской и Костромской областях — именно там была сильна традиция образования фамилий от просторечных форм канонических имён. Встречается также вариант написания с одной «н» — Ганюшина, но он менее распространён и связан с особенностями местного произношения или записи в документах.