Имя Ганюша является просторечной формой крестильного мужского имени Гавриил, которое в переводе с древнееврейского означает «божественный воин» или «моя сила - Бог». Скорее всего, основатель рода Ганюшиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ганюша, со временем получил фамилию Ганюшина.