Фамилия Ганюшин ведёт начало от просторечной формы крестильного мужского имени Гавриил — Ганюша. В переводе с древнееврейского Гавриил означает «божественный воин» или «моя сила — Бог». Потомок человека, которого в быту звали Ганюшей, со временем получил фамилию Ганюшин.

Модель образования здесь типичная для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Ганюшин, то есть сын или потомок Ганюши). Интересно, что имя Гавриил дало множество разговорных вариантов: Гаврила, Ганя, Ганюша, а от каждого из них образовались свои фамилии — Гаврилов, Ганин, Ганюшкин. Ганюшин стоит в этом ряду особняком: форма на -юша встречается реже, чем на -я или -ил, и встречается преимущественно в северных и центральных областях России.

Словообразовательная цепочка проста: Гавриил → Ганюша (уменьшительно-ласкательное) → Ганюшин. Суффикс -ин — один из самых распространённых в русской фамильной системе, он закрепился за основами, оканчивающимися на -а/-я, что и произошло с именем Ганюша.

В ономастических трудах, например у Б. Унбегауна, фамилии на -ин от кратких форм крестильных имён описываются как один из древнейших пластов русских родовых прозваний. Ганюшин не исключение: она могла возникнуть ещё в XVI–XVII веках, когда отчества и прозвища только начинали превращаться в наследственные фамилии.

Спорных версий происхождения у этой фамилии нет: корень ясен, и альтернативные гипотезы (например, от тюркских или финно-угорских основ) не имеют под собой оснований, поскольку форма Ганюша однозначно восходит к русскому именослову.

Таким образом, фамилия Ганюшин — это прозвание по отцу, чьё домашнее имя было Ганюша, а то, в свою очередь, — народный вариант церковного имени Гавриил.