Фамилия Гавнопупкин — редкий случай, когда грубое прозвище закрепилось в официальном родовом имени. В основе лежит нецензурное слово «г…но». Однако в крестьянской среде XVI–XVII веков это слово не несло того табуированного смысла, что сегодня. «Гавном» называли нечистоты, отходы, грязь, а также бракованный товар, порченый продукт. Прозвище Гавно мог получить человек, работающий с отбросами: золотарь, кожевник, мусорщик. Вторая часть — «пупкин» — скорее всего, не связана с пупом, а образована от слова «пупок» в значении «выпуклость, бугор», либо от диалектного «пуп» — «пучок, связка». Получается, что Гавнопупкин — это «сын того, кого звали Гавно с пупком», то есть человека с каким-то физическим недостатком или характерной особенностью.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Гавнопупкин). Основа двусоставная, что встречается реже: обычно прозвища-композиты вроде «Гавнопуп» давали за яркую внешнюю черту. Возможно, предок носил прозвище Гавно Пуп — то есть «грязный, но пузатый» или «с грязным животом». В быту такие имена не считались оскорбительными, а служили меткой, как «Косой» или «Хромой».

По географии фамилия почти не встречается в официальных переписях XIX века. Вероятно, она бытовала в глухих деревнях центральной России или Поволжья, где прозвища дольше держались вместо фамилий. В советское время носители могли сменить фамилию из-за её неблагозвучности. Поэтому сегодня Гавнопупкиных — единицы.

Сравните с однокоренными: Гавнилов, Гавнищев, Гавнушкин. Все они образованы от тех же корней, но без второй части. Двойная основа делает Гавнопупкина уникальной даже среди «неудобных» фамилий — это не просто «сын Гавна», а «сын Гавна с пупком», что сохраняет живую картину прозвища, которое дали реальному человеку лет триста назад.