Фамилия Гайнетдинов образована от арабского мужского имени Гайнетдин (в арабском варианте — Айнеддин). Имя это составное: первая часть восходит к слову «айн» (в тюркской передаче «гайн»), которое значит «подлинный, сущий», а вторая — «дин» (вера, религия). В сумме имя переводится как «подлинная вера» или «сущность веры». То есть человеку при рождении желали быть носителем истинной, чистой веры. Фамилия Гайнетдинов — это типичная русская патронимическая модель на -ов, означающая «сын Гайнетдина». Таких фамилий у татар и башкир много: Гайнутдинов, Гайнанов, Гайнеев — все они от разных форм одного корня.

Интересно, что в основе лежит не только имя Гайнетдин, но и более краткая форма Гайнан, которая происходит от того же арабского слова «айнан» — «подлинно». Поэтому фамилия Гайнетдинов может быть и от имени Гайнан с добавлением компонента «дин» уже в фамилии, но ономастика обычно считает первичным полное имя. Географически фамилия распространена в Татарстане, Башкортостане и среди татарской диаспоры по всей России. Встречаются варианты написания Гайнутдинов (с усечением гласного) — это та же основа, но с другим огласованием в тюркском произношении. Социально носители фамилии в прошлом — это крестьяне и горожане, приписанные к мусульманским общинам; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, так как она не входила в число татарских княжеских фамилий.