Фамилия Гайнетдинова — одна из тех, что прямо указывает на веру предков. Её основа — арабское мужское имя Гайнетдин, которое складывается из двух корней: «гайн» (истинный, настоящий) и «дин» (религия, вера). На русский его чаще всего переводят как «истинная религия» или «наблюдатель религии». Имя было распространено в среде татар, башкир и других тюркских народов, исповедующих ислам. Родители, давая сыну такое имя, желали ему стать глубоко верующим, достойным мусульманином — это был не просто набор звуков, а программа жизни, заложенная в имя.

У имени Гайнетдин есть несколько диалектных вариантов, которые тоже дали жизнь фамилиям: Айнетдин, Айнук, Кандюк, Кантюк. Поэтому родственниками Гайнетдиновых по происхождению можно считать носителей фамилий Айнетдинов, Айнуков, Кандюков и Кантюков — все они восходят к одному корню, но в разной фонетической обработке.

Фамилия образована по стандартной для России модели: к основе Гайнетдин добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем женское окончание -а. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Гайнетдинова — это дочь или жена человека по имени Гайнетдин. Такая модель стала массово закрепляться за нерусскими именами в XIX веке, когда государство требовало от всех подданных иметь фамилии, и мусульманские семьи Волго-Уральского региона начали оформлять родовые имена на русский лад.

Процесс этот был долгим и не всегда единообразным. В метрических книгах и ревизских сказках одну и ту же семью могли записать то как Гайнетдиновы, то как Гайнетдиновы с другим окончанием, а то и вовсе без фамильного суффикса — просто по имени отца. Поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения конкретного рода Гайнетдиновых можно только на основании генеалогических исследований: где-то фамилия оформилась в середине XIX века, где-то — к его концу.

Географически фамилия чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане и в татарских диаспорах соседних регионов — Оренбургской, Челябинской, Ульяновской областях. Это не случайно: именно здесь исламские имена были частью повседневной ономастики, а русская фамильная модель накладывалась на них без насильственной русификации корня.