Фамилия Гайнетднов — редкий случай, когда ошибка в написании закрепилась официально. Правильная, исходная форма — Гайнутдинов, от тюркского арабского имени Гайнутдин (Гайнетдин), что значит «богатство веры» или «драгоценность религии». Здесь «гайн» (араб. غين) — скрытое сокровище, богатство, а «дин» — вера. В фамилии выпала буква «у» между «т» и «д», что типично для устной речи: «Гайнетдинов» произнести легче, чем «Гайнутдинов», а при записи в документах эту редукцию зафиксировали как норму.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских имён: «чей?» — сын Гайнутдина. В татарской и башкирской среде, откуда фамилия родом, такие патронимы на -ов стали массово закрепляться в XIX — начале XX века, после ревизий и переписей, когда крестьянам и горожанам предписали иметь фамилии. До этого человека звали просто Гайнетдин, а его сына — Гайнетдинов сын.

Встречается фамилия почти исключительно у татар и башкир, особенно в Башкортостане, Татарстане и Оренбуржье. Вариант с буквой «е» (Гайнетднов) — маркер именно устной, бытовой передачи имени, в отличие от книжного «Гайнутдинов». Известных носителей с таким написанием в публичном поле нет, что подтверждает: фамилия редкая, локальная, возникла в результате описки или диалектного произношения, но позже стала родовой.