Фамилия Гайнова — женская форма от Гайнов. В её основе лежит прозвище Гайно, которое восходит к славянскому слову «гайно» — гнездо белки или, реже, логово зверя. Скорее всего, первый носитель такого прозвища был охотником, хорошо знавшим повадки лесных зверей и умевшим находить их убежища.

Другая версия связывает фамилию с топонимом Гайно (или Гайна). Особенно известен населённый пункт в Беларуси: именно в Гайне в 1387 году князь Ягайло после принятия христианства возвёл одну из первых церквей в крае. Кроме того, деревня Гайно есть и в Хвойнинском районе Новгородской области. Основатель рода мог быть выходцем из одного из этих мест, и фамилия указывала на его родину.

Есть и третья, менее распространённая гипотеза — о еврейском происхождении фамилии. В этом случае её связывают с немецким словом «Hayn» (роща). Тогда Гайнов — это указание на место жительства предка, жившего у рощи или в лесистой местности. Из всех трёх версий наиболее правдоподобной выглядит первая, прозвищная: она проще и опирается на живую народную лексику, а не на редкие или заимствованные корни. Фамилия образована по стандартной модели с суффиксом -ов, что характерно для русских родовых имён, возникших из прозвищ или названий местности.