Фамилия Гайновский звучит как типичная польская или западнорусская фамилия, образованная по модели «основа + суффикс -овский». В польской традиции суффикс -овский (-owski) указывал на принадлежность к месту или роду: так называли шляхтичей по названию их имения (например, Гайновский — «из Гайнова»). В русской среде такие фамилии нередко получали выходцы из Речи Посполитой, переходившие на службу к московским князьям, или же духовенство, бравшее фамилии по названиям сёл и приходов.

Основа «Гайн-» может быть связана с несколькими корнями. Самый прямой — польское слово «gaj» (гай, роща, лесок). Тогда Гайновский — человек, живший у леса или владевший землёй с таким названием. В Польше и Беларуси есть несколько деревень с названием Гайново, Гайновка, Гайны. Фамилия могла возникнуть от названия одного из этих поселений. Менее вероятная, но возможная версия — от личного имени Гайн (сокращённая форма от Гайно, Гайнис), которое встречалось в старых западнославянских именословах.

В русском контексте фамилия редкая. Она почти не встречается в центральных и северных губерниях, зато фиксируется на западе — в Смоленской, Могилёвской, Гродненской губерниях, что подтверждает её польско-белорусское происхождение. Если предки носителя были крестьянами, фамилия могла закрепиться за ними после отмены крепостного права, когда бывшим помещичьим крестьянам давали фамилии по названию их прежнего села или по прозвищу. Если же речь о шляхетском роде — носители могли владеть небольшим имением Гайново и передавать фамилию по наследству.

Есть и редкое написание с ударением на второй слог (Га́йновский) — такое встречается у потомков обрусевших поляков, где ударение сместилось под влиянием русской речи. В любом случае, фамилия не имеет отношения к слову «гайка» или «гай» в значении «шум» — это народная этимология, не выдерживающая критики.