Фамилия Гайнигилимов — редкий пример тюрко-персидского именования, прошедшего через русскую паспортную систему. Её основа — сложное составное имя, типичное для мусульманских народов Поволжья и Приуралья: Гайнигилим. В нём два корня: «гайн» (от арабского «гайни» — «глаз», «источник», «родник») и «гилим» (от персидского «гилим» — «знание», «наука»). Вместе имя можно перевести как «родник знаний» или «источник учёности» — такое имя давали с пожеланием, чтобы ребёнок вырос образованным и мудрым.

Фамилия образована по стандартной для русской среды модели: к основе Гайнигилим добавили патронимический суффикс -ов, превратив личное имя в фамилию сына. Ударение, скорее всего, падает на предпоследний слог: Гайнигили́мов. В татарской и башкирской среде, откуда фамилия происходит, имя Гайнигилим встречается эпизодически, а фамилия Гайнигилимов — ещё реже. По данным переписей, основные носители сосредоточены в Башкортостане и соседних областях, что подтверждает региональную привязку к исламизированным тюркам Урало-Поволжья.

Интересна морфология: фамилия сохранила полную форму имени без усечения, что нечасто встречается среди тюркских фамилий на -ов. Обычно длинные имена сокращали до первого слога (Гайнуллин, Гайнанов), но здесь основа осталась нетронутой. Возможно, это указывает на относительно позднюю паспортизацию в XIX — начале XX века, когда переписчики уже не справлялись с длинными именами, но записывали их целиком.

Одно из редких упоминаний фамилии встречается в метрических книгах Оренбургской губернии конца XIX века, где записан Гайнигилимов Ахметзян — житель деревни Старо-Калмашево. Это позволяет предположить, что предки были либо крестьянами, либо мещанами, а не дворянами или духовенством — их сословная принадлежность типична для большинства татарских и башкирских семей того времени.

Таким образом, Гайнигилимов — не просто фамилия, а застывшее пожелание ума и просвещения, записанное русскими буквами. Она не имеет отношения к географическим названиям или прозвищам, а целиком уходит корнями в арабо-персидскую книжную культуру, которую принес ислам в тюркские степи.