Фамилия Гайниев образована от имени Гайни, которое происходит из арабского языка. В оригинале оно означает «родник, источник» и, в переносном смысле, «самый лучший, избранный». Вероятно, родители нарекли сына именем Гайни, вкладывая пожелание, чтобы тот вырос достойным и чистым человеком, как ключевая вода.

По словообразовательной модели фамилия относится к самому распространённому в русской среде типу: к основе на -и (Гайни) прибавили типичный русский суффикс принадлежности -ев. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, жил в регионе, где русская административная или церковная система фиксировала фамилии по отцу — «чей ты?» — отсюда Гайниев, то есть сын (или внук) Гайни.

Интересно, что имя Гайни встречается у татар, башкир и других тюркских народов, принявших ислам. В их среде арабские имена нередко адаптировались к местному произношению, и -ий в конце могло редуцироваться в -и (Гайни вместо Гайний). Соответственно, фамилия Гайниев — это русифицированная форма отчества от такого адаптированного имени. Если бы носители остались в среде родного языка, фамилия могла бы звучать как Гайниев или Гайни улы (сын Гайни), но русский суффикс закрепил её в привычном виде.