Фамилия Гайнимов — редкий случай, когда основа не просто прозвище, а имя, которое могло принадлежать человеку совершенно разного происхождения. В отличие от большинства русских фамилий, она не имеет славянского корня, а восходит к арабскому имени Гайним (Ганим). Это имя означает «добытчик», «тот, кто получает трофей» или «удачливый» — в арабском корне «г-н-м» заложена идея приобретения, выгоды, военной добычи.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Гайнимов — буквально «сын Гайнима». Такая фамилия могла появиться у татар, башкир, народов Кавказа или Средней Азии, которые входили в состав Российской империи и чьи имена русифицировались при крещении или при записи в метрические книги. Встречается она и у потомков крещёных татар-мишарей, и у мусульман, чьи предки получили фамилию по имени отца при переписях XIX века.

Интересно, что имя Гайним в исламской традиции не является именем пророка или сподвижника, а скорее бытовым, «счастливым» именем-пожеланием. Поэтому фамилия Гайнимов не несёт религиозной окраски, а говорит о том, что предок носителя, вероятно, был человеком практичным, удачливым в делах или торговле. Встречаются варианты написания — Ганимов, Ганиев, но форма с «й» (Гайнимов) указывает на более архаичное произношение, где дифтонг «ай» сохранился.

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья (Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье) и к Северному Кавказу, где распространены тюркские и кавказские имена с арабскими корнями. Встречается и в Казахстане, что связано с переселениями кочевых родов. Фамилия довольно редкая: в современной России её носителей, по разным оценкам, не более нескольких сотен человек, что делает её уникальным маркером для генеалогического поиска.