Фамилия Гаюбов — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, образованных от канонических крестильных имён, основа Гаюб- заставляет искать корни в тюркских или кавказских языках. Скорее всего, перед нами русифицированная форма фамилии, распространённой у народов, исповедующих ислам.

Наиболее убедительная версия связывает фамилию с арабским именем Гаюб (или Аюб), которое соответствует библейскому Иову. В исламской традиции пророк Аюб (Айюб) — символ терпения и стойкости в вере. Таким образом, фамилия Гаюбов могла означать «потомок Гаюба» или «принадлежащий к роду Гаюба». Суффикс -ов здесь — типичный русский патронимический показатель, который «пришили» к основе при интеграции носителей в российскую имперскую систему учёта населения, особенно в XIX веке.

Вторая, менее распространённая версия, отталкивается от тюркского слова «гаюб» (гайып), означающего «скрытый», «невидимый», «таинственный». В этом случае прозвище Гаюб мог получить человек замкнутый или тот, кого считали обладающим скрытыми знаниями. Однако эта гипотеза слабее, так как прозвища с таким значением встречаются реже, чем адаптация религиозного имени.

Географически фамилия Гаюбов тяготеет к регионам, где исторически сильны тюркские и кавказские влияния: Азербайджан, Дагестан, Чечня, а также татарские и башкирские области. В русском языковом окружении фамилия сохранила ударение на втором слоге — Гаю́бов, что отличает её от типичных русских фамилий с ударением на суффиксе.

С точки зрения словообразования, это классическая «притяжательная» модель: имя Гаюб + суффикс -ов. Фамилия не имеет дворянского или крестьянского «окраса» — она скорее отражает этническую и конфессиональную принадлежность предка. Сословный статус носителей мог быть любым: от горских узденей до крестьян и купцов.