Фамилия Гедес — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно для носителя русского языка. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а адаптированная форма, попавшая в русскую среду извне. Основной корень — «Гед-» — не имеет славянской этимологии, и фамилию не стоит разлагать по схеме «Гедес = Геда + суффикс -ес», потому что такого суффикса в русской модели образования фамилий нет.

Наиболее вероятная версия — фамилия происходит от имени Гедеон (библейский судья Израиля). В некоторых языках, особенно в польском, украинском и белорусском, это имя могло сокращаться до формы Геда или Гедь, а затем приобрести окончание -ес, характерное для фамилий польского типа (как Матеус, Анджеес). Таким образом, Гедес — это патроним, означающий «сын Гедеона» или «потомок Геды». В пользу этой версии говорит и то, что фамилия встречается в регионах, граничивших с Речью Посполитой, — например, на западе современной Украины и в Беларуси.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с литовским или жемайтским корнем «ged-» (горе, тоска, скорбь) или «gedas» (печаль, сожаление). В этом случае фамилия могла возникнуть как прозвище, данное человеку с мрачным нравом или тому, кто пережил утрату. Однако для русского бытования эта версия слабее: литовские фамилии чаще оканчиваются на -ис, -ас, -ус, а форма Гедес — скорее результат полонизации.

В дореволюционной России фамилия Гедес не была дворянской и не фиксируется в родословных книгах. Её носители — вероятно, выходцы из мещан или крестьян западных губерний, которые получили фамилию при переписях или переходе в православие. Сейчас это редкая фамилия, и её обладатели, скорее всего, имеют предков, связанных с униатскими или католическими традициями восточных земель бывшей Речи Посполитой.