Фамилия Гефлин — одна из тех, что редко встречается в России и почти наверняка имеет не славянское, а еврейское происхождение. В пользу этого говорят сразу несколько признаков: характерное окончание -ин, которое в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность («чей?»), а в еврейских — часто является русифицированным вариантом немецких или идишских фамильных суффиксов.

Основа фамилии — «Гефл» — восходит, скорее всего, к немецкому Hügel (хюгель), что значит «холм, пригорок». В немецком и идише это слово могло стать прозвищем человека, жившего на возвышенности, или же топографическим указателем места. Вариант написания «Гефлин» (с буквой «е» вместо «ю») — типичный для адаптации немецких фамилий в восточноевропейской среде, где звук [ü] часто заменяли на [е] или [и]. Суффикс -ин, таким образом, не несёт значения «сын кого-то», а лишь оформляет фамилию по русской модели.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с идишским словом «гефл» (петля, узел) или с немецким глаголом heften (прикреплять, пришивать). В таком случае прозвище могло относиться к портному, скорняку или человеку, занимавшемуся переплётным делом. Однако топографическая версия с «холмом» встречается в немецкой ономастике чаще, чем ремесленная.

Фамилия Гефлин не относится к числу аристократических. Её носители в Российской империи были, как правило, мещанами или купцами из черты оседлости, а после революции эмигрировали или ассимилировались. В современной России она остаётся редкой: по открытым данным, в стране живут единицы людей с такой фамилией, сосредоточенные в крупных городах. За рубежом, особенно в Израиле и США, встречаются варианты Hüflin, Gheflin и Geflin.