Фамилия Гембицкис — это не самостоятельное образование, а переоформленная на литовский лад польская фамилия Гембицкий. Если оригинальная фамилия звучала как Gębicki, то в литовской среде окончание -icki/-icki закономерно превратилось в -ickis, а в русской передаче закрепилось как -цкис. Такая модель типична для жителей бывшего Великого княжества Литовского, где польские дворянские фамилии адаптировали под местную грамматику.

Основа фамилии — топоним Гемба. Так называется одна из самых высоких вершин массива Полонина Боржава в Закарпатье. Рядом с горой находится известный водопад Шипит (Шипот). Прозвище Гембицкий могли дать человеку, который происходил из селений у подножия этой горы. Скорее всего, предок носителя фамилии Гембицкис был выходцем с западноукраинских земель, входивших в состав Речи Посполитой.

Гембицкие — старинный род, рано разделившийся на несколько ветвей. Первая ветвь, от Лаврентия Гембицкого (умер в 1624 году), записана в родословную книгу Царства Польского. Лаврентий был королевским секретарём, послом Сигизмунда III к папе Клименту VIII, а позже — архиепископом гнезненским и примасом Польши. Вторая ветвь, от Мартина Николаевича Гембицкого, попала в I часть родословной книги Киевской губернии. Третья ветвь (Гембицкие-Татары) — в VI часть родословной книги Виленской губернии, а четвёртая — в I часть книг Виленской и Ковенской губерний.

Фамилия Гембицкис, таким образом, указывает на дворянское происхождение — её носители принадлежали к литовско-польской шляхте, которая после разделов Речи Посполитой оказалась в составе Российской империи. Литовское окончание -цкис вместо польского -цкий — верный признак того, что род обосновался на территории современной Литвы или в смежных районах Беларуси и сохранил память о своих корнях в форме фамилии.