Фамилия Генбаруков — редкий пример того, как восточное личное имя адаптировалось под русскую фамильную модель. Её основа — именование Генбарук, которое, вероятнее всего, восходит к арабскому мужскому имени Ганбар (встречается также вариант Гамбар). В русском языке имя обросло типичным суффиксом -ук (указывающим на «малого», «сына» или «ученика»), а затем к этой основе добавили притяжательный суффикс -ов, характерный для фамилий центральной России. Получилась конструкция: Генбар + ук + ов — «сын того, кто был сыном Генбара».

Значение самого имени Ганбар толкуют по-разному, и это добавляет фамилии восточного колорита. По одной из версий, оно восходит к арабскому слову «камбар» — «жаворонок». По другой, имя Гамбар связывают с тюркским названием выхухоли. В восточной поэзии слово «ганбар» использовали как изысканный эпитет для описания завитков локонов возлюбленной — метафора, далёкая от зоологии, но популярная в классической лирике.

Словообразовательная цепочка Генбаруков необычна тем, что объединяет сразу два уменьшительно-патронимических элемента: сначала украинский или белорусский суффикс -ук, а затем великорусский -ов. Такое «двойное» оформление встречается нечасто и обычно указывает на то, что фамилия закрепилась в письменных документах уже после того, как первоначальное прозвище (Генбарук) попало в русскоязычную среду и было переосмыслено как основа для фамилии по общерусскому образцу.

Исходное имя Генбар (Ганбар) — явно не христианское, а принесённое вместе с исламской культурой. Поэтому носители фамилии Генбаруков, скорее всего, ведут род из татарской, башкирской или кавказской среды, где такие имена были в ходу. Со временем, перейдя в православное или светское окружение, имя сохранилось как фамильное, утратив религиозную окраску и став просто родовым знаком.