Фамилия Гембарукова — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной расшифровке с ходу. В ней слышна польская или белорусская огласовка, и это не случайно. Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Гембарук- добавили суффикс -ов, а затем женское окончание -а. Мужской вариант — Гембаруков. Суффикс -ук (в форме Гембарук) типичен для западнорусских земель, особенно для Беларуси и Украины, где он указывал на сына или ученика: Гембарук — «сын Гембы» или «человек Гембы».

Самое интересное — корень Гемб-. В польском языке gęba означает «рот», «губа», а в переносном смысле — «ротозей» или «крикун». В белорусских говорах гемба — то же самое, с оттенком «толстогубый» или «обидчик». Вероятнее всего, прозвище Гемба получил человек с крупными губами или говорливый, резкий в словах. Менее правдоподобна версия о связи с немецким Gemb (старое личное имя) — она не находит поддержки в массовых источниках.

Фамилия Гембарукова могла возникнуть на территории современной Западной Беларуси или Подляшья, где польское влияние смешивалось с восточнославянскими традициями. При переходе в русскую среду суффикс -ук стали оформлять по-русски, добавив -ов. Социально носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами: прозвища по внешности или характеру редко давали дворянам.

Похожие фамилии — Гемба, Гембицкий, Гембаров — встречаются в Польше и Беларуси, но Гембарукова остаётся локальной и малочисленной. Если искать её сегодня, следы ведут в Брестскую область и южные районы Польши, где фамилия могла сохраниться в неизменном виде.