Фамилия Гепта — редкая, и её происхождение неочевидно. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов, -ин или -ский. Это сразу указывает на то, что перед нами не патроним (не «чей-то сын»), а, скорее всего, фамилия, застывшая в форме прозвища или иноязычного слова.

Самый вероятный корень — греческий. «Гепта» (ἑπτά) означает «семь». Прозвище Семь или Сёма в русской традиции давали седьмому ребенку в семье, но в форме Гепта оно явно несёт книжный, «учёный» оттенок. Такое прозвище мог получить человек, связанный с церковной или школьной средой, где греческий язык был в ходу: семинарист, дьячок, учитель греческого. Второй вариант — прозвище по числу «семь» в каком-то бытовом контексте (семь пальцев, семь детей, семь предметов в хозяйстве), но тогда оно звучало бы как Семёрка или Семак. Греческая форма указывает на искусственное, а не народное происхождение.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими языками. В некоторых из них корень «геп-» или «кеп-» означает «форма», «вид», «образец». Однако для фамилии Гепта такая этимология натянута — нет типичных тюркских суффиксов. Также не стоит путать её с немецкой фамилией Hepta (от греческого же корня, попавшего в научную терминологию) — в немецком она тоже редка и встречается у потомков переселенцев-меннонитов.

Географически фамилия Гепта в России встречается точечно, преимущественно на юге — в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в среде греков Приазовья. Это подтверждает версию о греческих корнях: фамилия могла закрепиться у понтийских греков, переселившихся в Россию в XIX веке, или у русских, учившихся в духовных семинариях, где греческий язык был обязательным.

Словообразовательно фамилия уникальна: она не адаптирована русскими суффиксами, а оставлена в «чистом» виде. Это говорит о том, что носитель или его ближайший предок получил прозвище не от окружающих крестьян, а в среде, где греческое слово было понятным и естественным. Вероятнее всего, предок был либо греком-переселенцем, либо человеком духовного звания.