Фамилия Гептин встречается редко, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от большинства русских фамилий на -ин, которые образованы от имён или прозвищ на -а/-я (Гаврила — Гаврилин, Фома — Фомин), основа «Гепт-» не имеет очевидного славянского корня. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая в среде, где переплелись разные языковые традиции.

Наиболее вероятная версия связывает Гептина с тюркским или арабским именем Хефтин (Гептин). В тюркских языках «гепт» или «хефт» восходит к персидскому «хафт» — «семь». Имя Хефтин могло даваться седьмому ребёнку в семье или родившемуся на седьмой день. Такие числовые имена (Бир — один, Уч — три) были распространены у татар, башкир и других народов Поволжья. Русский суффикс -ин в этом случае работает по стандартной модели: «чей?» — «сын Гептина», то есть Гептин.

Вторая версия, менее убедительная, отталкивается от греческого слова «гепта» (семь). Фамилия могла возникнуть в среде греческого духовенства или купечества, но для массового бытования в России это маловероятно: слишком книжный корень. Также не стоит всерьёз рассматривать связь с химическим термином «гептан» — фамилия появилась раньше, чем это вещество получило название.

Географически фамилия Гептин тяготеет к регионам, где исторически сильны татарское и башкирское влияние: Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье. Встречается она и в центральной России, но как редкий след миграций. Сословного барьера у фамилии не было: её мог носить и крестьянин, и мещанин, и купец. Поскольку прозвище или имя Гепта не фиксируется в древнерусских памятниках, фамилия, скорее всего, поздняя — не старше XVIII века, когда оформилась основная масса русских фамилий у нерусских народов империи.