Фамилия Гернеший — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она имеет искусственное, семинарское происхождение. В XIX веке в духовных училищах и семинариях будущим священникам нередко давали фамилии, образованные от латинских или греческих слов, часто — с намёком на положительные качества. Основой здесь могло послужить латинское слово «gernere» (нести, приносить) или «gerens» (несущий, выполняющий). В таком случае Гернеший — это «носитель», «исполнитель», что вполне в духе семинарских фамилий-пожеланий. Подобные фамилии на -ий (вроде Гиацинтов, Аполлонов, Рождественский) были нормой для выпускников академий.

Окончание -ий указывает на прилагательное в форме мужского рода, что типично для «облагораживающего» книжного стиля. Суффикс -еш- в данном контексте — необычный, и он не вписывается в русскую народную модель образования. Если бы фамилия была исконно славянской, она скорее выглядела бы как Гернешев или Гернешин. Поэтому версия об искусственном, «кабинетном» происхождении — самая правдоподобная.

Менее вероятная гипотеза — связь с венгерским или румынским языками, где «gernes» или «ghernes» могло быть диалектным названием ремесла или топонимом. Однако в этом случае фамилия должна была бы иметь иное распространение, а Гернеший в современных базах данных встречается крайне редко, что говорит о её точечном, а не массовом бытовании. Скорее всего, её носители — потомки одного священника или учителя, получившего такую фамилию при поступлении в семинарию.

О сословии предков можно уверенно сказать: если верна семинарская версия, то основатель рода был из духовного звания. Фамилия не указывает на дворянство или крестьянство. Географически такие фамилии чаще всего встречались в центральных губерниях России, где были сильны духовные школы.