Фамилия Гершкуль — один из тех случаев, когда внешне «русский» суффикс скрывает совершенно иную языковую природу. На слух она воспринимается как типичная фамилия на -уль (ср. Каракуль, Бакуль), но на деле её корни уходят в еврейскую ономастику, а точнее — в идиш и иврит. Основа «Герш» — это сокращённая форма библейского имени Гершон (Гирш), которое в переводе с иврита означает «чужеземец» или «изгнанник». В ашкеназской традиции имя Гирш часто ассоциировалось с оленем (от идиш «hirsh» — олень), поскольку в еврейской символике олень олицетворял быстроту и грацию, а само имя стало популярным как калька с библейского Нафтали.

Вторая часть, «-куль», — это не тюркское «озеро» или «раб», как могло бы показаться при поверхностном взгляде. Скорее всего, перед нами вариант суффикса -кул, -гул, характерного для фамилий, образованных в среде идиша и немецкого диалекта. В некоторых случаях «-куль» могло быть искажением немецкого «-kuhl» (прохладный) или «-kopf» (голова), но для фамилии Гершкуль более вероятно, что это окончание, пришедшее из польского или украинского языкового окружения, где уменьшительные или прозвищные формы на -уль встречаются нередко. Таким образом, Гершкуль — это «маленький Герш» или «сын Герша», то есть патронимическая фамилия, закреплённая за потомком человека по имени Гирш.

Географически фамилия тяготеет к западным губерниям Российской империи — территориям современной Беларуси, Украины и Польши, где было многочисленное еврейское население. Встречается она и в Литве. Сословно носители фамилии в XIX веке относились к мещанам или купцам, реже — к ремесленникам. В метрических книгах и ревизских сказках фамилия могла записываться по-разному: Гершкуль, Гершкул, Гиршкуль — вариации связаны с особенностями передачи звуков на слух чиновниками, не всегда знакомыми с идишем.

В современной России фамилия редкая, но не исчезнувшая. Её носители живут в основном в крупных городах, и, как правило, это потомки тех, кто переехал в центральные регионы в конце XIX — начале XX века. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего будут Гершкович, Гершензон и Гиршман — все они восходят к тому же имени Гирш, но через разные словообразовательные модели. Гершкуль стоит особняком именно из-за своего нестандартного суффикса, который на письме напоминает славянские или тюркские фамилии, но по сути остаётся чисто еврейским патронимом.