Фамилия Гибадулина восходит к мужскому имени Гибадулла, широко распространённому у татар и башкир. Имя это составное, арабского происхождения: первая часть «Гибад» означает «рабы», вторая — «Улла», то есть «Аллах». Вместе имя переводится как «рабы Аллаха» или «поклоняющиеся Аллаху». По смыслу это вариант имён, подчёркивающих преданность Богу — таких как Абдулла или Убайдулла.

Первоначальная форма фамилии — Гибадуллина, с двойной «л» на стыке корня и суффикса. Однако в живой устной речи, особенно в диалектах татарского и башкирского языков, произошла редукция — вторая «л» перестала отчётливо звучать, и написание упростилось до Гибадулина. Такое явление не редкость: похожая судьба у фамилий Гатауллин (перешедших в Гатаулин) или Хайбуллин.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: в русской модели фамилий он отвечает на вопрос «чей?». В тюркских семьях, живших на территории России, фамилии на «-ин» (и на «-ов»/«-ев») закрепились после XVII–XIX веков, когда начался массовый учёт населения. Род Гибадулиных мог сложиться в среде служилых татар, торговых людей или крестьян-мусульман Среднего Поволжья и Приуралья: в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях эта фамилия встречается чаще всего.

Окончательно определить точное сословие и время возникновения конкретной ветви можно только по архивным записям — метрическим книгам, ревизским сказкам или родословным (шэжэрэ). Сама же фамилия — типичный пример, как арабское религиозное имя через тюркское посредничество вошло в русский обиход и приспособилось к его грамматике.