Фамилия Гилис — один из примеров, когда корень слова прямо указывает на характер предка. Скорее всего, её образовали от литовского gylys — «жало». Такое прозвище могли дать человеку колкому, острому на язык, ироничному. Словообразовательная модель проста: основа gy- с суффиксом -lis дала прозвище, которое затем закрепилось как фамилия без дополнительных русских суффиксов (вроде -ов или -ин), что типично для балтийского влияния.

География фамилии показывает связь с Латвией и приграничными регионами. В Книге памяти Саратовской области есть Антон Августович Гилис (1904 года рождения, село Черная Падина) и колхозник Антон Матвеевич Гилис (1888 года рождения, из города Митава, ныне Елгава, Латвия). Эти записи подтверждают, что носители фамилии переселялись из Прибалтики в Поволжье, вероятно, в ходе аграрных реформ или после Первой мировой войны.

Из известных носителей — латвийский футболист Гинтс Гилис (род. 1970), полузащитник. Его фамилия — типичный пример латышской антропонимики, где основа осталась без изменений, а окончание указывает на мужской род. В отличие от русских фамилий, где прозвище обрастало суффиксами принадлежности, балтийские фамилии часто сохраняли исходную форму.