Фамилия Гилут, вероятно, ведет свое начало от аналогичного прозвища, которое происходит от гидронима Гилута. Такое название носит озеро в Витебской области, расположенное на белорусско-литовской границе. Можно предположить, что предок обладателя фамилии Гилут жил на берегах этого озера. Само название Гилута предположительно восходит к литовскому слову gilus – «глубокий». Кроме того, в окрестностях города Вильнюса существует деревня Гилуты. Не исключено, что основатель рода Гилут был ее уроженцем.