Фамилия Гинаятов — одна из тех, что сразу выдают восточные корни, но её точное происхождение не лежит на поверхности. В основе лежит личное имя Гина́ят (варианты — Гинаят, Гиннат), которое восходит к арабскому слову «ина́я» — забота, попечение, милость. В мусульманской традиции это имя нередко давали с пожеланием, чтобы ребёнок рос под защитой высших сил. Русский суффикс -ов превратил имя в фамилию по стандартной для Российской империи модели: Гинаят + ов = Гинаятов, то есть «сын (или потомок) Гинаята». Форма с суффиксом -ов характерна для тюркских народов, которые входили в состав России и перенимали русскую патронимическую систему в XIX — начале XX века.

Географически фамилия чаще всего встречается среди татар и башкир, а также у представителей других тюркских народов Поволжья и Урала. Реже — у казахов и узбеков, где, впрочем, могла закрепиться в русифицированном варианте вместо исконной формы Гинаят-улы (сын Гинаята). Интересная деталь: в татарской среде имя Гинаят иногда записывали как Гыйнаят, с твёрдым знаком на конце в дореволюционных метриках, поэтому в старых документах можно встретить написание Гинаятовъ — с твёрдым знаком, который после реформы орфографии 1918 года исчез.

Социальный состав носителей фамилии был смешанным. Среди Гинаятовых встречались и крестьяне, и купцы, и муллы. Поскольку имя считалось «книжным», религиозным, его чаще давали в семьях, где ценили грамотность и исламское образование. Впрочем, никаких документальных подтверждений принадлежности к высшему сословию нет: фамилия оставалась народной, без дворянских гербов и привилегий. Единственное, что можно утверждать с уверенностью — предки носителя этой фамилии, скорее всего, жили в регионе с сильным татарским или башкирским влиянием, а сама фамилия фиксирует не профессию или прозвище, а именно имя, данное при рождении.