Фамилия Гиндулина образована от мужского имени Гиндула, которое, в свою очередь, восходит к арабскому имени Хиндулла (или Гиндулла). Это сложное имя состоит из двух частей: «Хинд» (Индия, индийский) и «Аллах» (Бог). В буквальном переводе оно означает «раб Бога из Индии» или «индийский раб Бога», но в бытовом употреблении, скорее всего, воспринималось просто как благочестивое мусульманское имя, указывающее на смирение перед Всевышним. Фамилии на -ин в русской традиции обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я: Гиндула → Гиндулин → Гиндулина (женская форма).

Ареал фамилии довольно чётко привязан к Поволжью и Приуралью — Татарстану, Башкортостану, Оренбургской и Самарской областям. Это не случайно: имя Гиндула было распространено в среде татар и башкир, где арабские имена с компонентом «улла» (от Аллах) — типа Абдулла, Гайнулла, Хайрулла — встречались очень часто. Гиндула — более редкий вариант, но его фиксация в метрических книгах и ревизских сказках XIX века подтверждает, что фамилия сложилась именно в тюрко-мусульманской среде, а затем была русифицирована при записи в официальные документы.

Интересно, что в некоторых говорах имя могли произносить и как «Гиндулля», с мягким окончанием, что породило вариант фамилии Гиндуллин. Однако форма Гиндулина (с твёрдым «л») встречается чаще. По сути, это типичная «патронимическая» фамилия: прямой ответ на вопрос «Чей ты?» — «Из рода Гиндулы». Предок носителя фамилии, скорее всего, был крестьянином или ремесленником, носившим это имя, а фамилия закрепилась за его потомками уже после отмены крепостного права или при переписях населения.

Встречается и версия, что основа могла быть связана с тюркским словом «гинду» (или «хинду») — «индиец», но она менее убедительна: прозвище «Индиец» для жителя средней полосы России — экзотика, а вот имя, пришедшее с исламом, — обычное дело. Поэтому арабская этимология остаётся основной.