Фамилия Гиндуллины (в мужском роде — Гиндуллин) образована по самой распространённой в России патронимической модели: к основе личного имени добавили русский суффикс принадлежности -ин. В буквальном смысле «Гиндуллин» — «сын Гиндуллы», «принадлежащий Гиндулле».

Имя Гиндулла — тюркская форма арабского имени, которое складывается из двух частей: «Гин» (вариант «Гайн») и «Аллах». Первая часть восходит к арабскому слову со значением «богатство», «изобилие», а в некоторых диалектах — «святость» и «доброта». Таким образом, Гиндулла осмысляется как «богатство (или святость) Аллаха», «милость Всевышнего». Имя несло пожелание, чтобы ребёнок рос под защитой Бога и был достойным мусульманином.

Фамилия Гиндуллин — типичный образец того, как арабское по происхождению имя, пройдя через тюркскую языковую среду, закрепилось в русской фамильной системе. Подобные фамилии встречаются у татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья, где веками соседствовали тюркская и славянская ономастические традиции. Суффикс -ин, а не -ов, не случаен: в русском языке он присоединяется к основам, оканчивающимся на -а, -я, поэтому «Гиндулла» закономерно дало «Гиндуллин».

Говорить о точном времени возникновения фамилии сложно: массово фамилии у волго-уральских татар и башкир стали появляться в XIX веке, после реформ по учёту населения, но отдельные носители имени Гиндулла могли жить и раньше. Без генеалогических изысканий в конкретных метрических книгах или ревизских сказках определить, когда именно потомки Гиндуллы впервые записались как Гиндуллины, невозможно.