Фамилия Гирстун — редкая и с точки зрения русского языка звучит необычно. Её происхождение почти наверняка не славянское, а западное. В первую очередь здесь напрашивается связь с немецким или еврейским (ашкеназским) миром.

Если отталкиваться от немецкого языка, то в основе может лежать сложное слово, образованное от двух корней: «Gier» (страсть, жадность, алчность) и «Stun», что является диалектной или искажённой формой от «Stunde» (час). Получается что-то вроде «Gierstunde» — «час жадности» или «жаркий час». Однако такое прозвище маловероятно для реального человека. Более правдоподобна версия, что «Гирстун» — это русифицированная форма немецкой фамилии Girstun. В немецком языке есть фамилия Girst, которая восходит к слову «Gier» (страсть) или к средневерхненемецкому «gir» (коршун). Суффикс «-un» мог появиться в результате адаптации окончания на русской почве или быть остатком диалектного суффикса.

Вторая, не менее вероятная версия — литовское или польское происхождение. На территориях бывшего Великого княжества Литовского (современные Литва, Беларусь, часть Польши) встречаются фамилии с окончанием на «-ун» (например, Гиршун, Мацюн). В этом случае основа «Гирст» может быть фонетическим вариантом литовского слова «girsti» (слышать) или «girstas» (прославленный, слышимый). Тогда Гирстун — это человек, которого слышно, известный, или же производное от литовского имени Girstas.

В любом случае, носитель фамилии Гирстун — это, скорее всего, потомок выходца из Прибалтики, Польши или немецких колонистов, которые селились в Российской империи. Фамилия не получила широкого распространения, что указывает на её локальный характер и, возможно, на то, что родоначальник был человеком с ярко выраженным прозвищем, которое закрепилось за его потомками.