Фамилия Гищенков — одна из тех, в которых на первый взгляд всё ясно, но при ближайшем рассмотрении открывается простор для догадок. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Гищенков, то есть сын или потомок Гищенка. Но вот что скрывается за основой «Гищенк-»?

Самая вероятная версия ведет к украинскому или белорусскому влиянию. Основа «Гищенк-» — это форма с уменьшительным суффиксом -енк(о), очень распространенным в южнорусских и западнорусских землях (Украина, Белоруссия, юг России). В таком случае фамилия образована от имени или прозвища Гищенко (Гищенок), которое, в свою очередь, восходит к имени Григорий. В народном произношении имя Григорий нередко сокращалось до Гришко, а затем, через чередование звуков и влияние диалектов, могло перейти в Грищенко → Гищенко. Фамилия Грищенко — одна из самых частых на Украине, а Гищенков — это её «обрусевшая» форма, адаптированная под русскую модель с суффиксом -ов.

Вторая, менее распространённая версия, связывает основу с диалектным словом «гищ» или «гища» — так в некоторых говорах называли гущу, осадок, что-то мутное. Прозвище Гища могли дать человеку с неспокойным, «мутным» характером, либо, наоборот, тому, кто занимался процеживанием жидкостей — например, пивоварению или сыроварению. Однако эта версия слабее: следов такого прозвища в исторических документах почти нет, в отличие от многочисленных Грищенко.

Третий вариант — отчество от канонического имени Гизо (разговорная форма от Гизе, Гизон), но это уже экзотика. Для рядового носителя фамилии Гищенков наиболее правдоподобным остаётся путь через украинское Грищенко и дальнейшее прибавление русского суффикса -ов.

Географически фамилия тяготеет к южным областям России и востоку Украины — Курская, Белгородская, Воронежская области, а также Ростовская и Краснодарский край. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении: вероятно, предки носителя фамилии жили в одном селе или хуторе, где и закрепилась эта форма. По сословной принадлежности — скорее всего, крестьяне или казаки, так как именно в этих средах были распространены «украинизированные» формы с последующей русификацией.