Фамилия Гишина — женская форма, но в русской традиции она почти всегда восходит к мужской основе Гишин. Её ядро — прозвище или нецерковное имя Гиша. В старину так могли называть человека за тихий нрав, неразговорчивость: слово «гиша» в южных и западных говорах означало «тишина», «затишье», «безмолвие». Встречается и глагол «гишить» — молчать, утихать. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище за спокойный характер или за то, что в шумной компании держался в стороне.

Фамилия образована по продуктивной модели на -ин. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Гишин, то есть сын или потомок Гиши. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища встречаются в среде крестьян и посадских людей центральных и южных губерний России. Географически фамилия Гишина сегодня чаще всего фиксируется в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях, что подтверждает её южнорусские корни.

Существует и другая, менее правдоподобная версия — от тюркского корня «гиш» (зима) или «кыш». Но она слаба: прозвища по природным явлениям в русской среде обычно оформлялись иначе (Зима, Мороз), а суффикс -ин в тюркских заимствованиях редок. Вероятнее, что фамилия чисто славянская, из народной лексики. Встречаются однокоренные фамилии Гишев, Гишко, Гишаев — они могут иметь разное происхождение, но Гишина прочно связана с образом молчаливого человека.